投标单位两个标段可以同时投标但不能兼中在招标文件中约定违规吗

结论：不违规。
解析：
1、“兼投不兼中”意思是投标人可以同时参与投多个标，但是只可以中一个，不可以全中。
2、招标是一种民事行为，其目的是为了通过竞争让采购人、供应商达成一致，形成契约，最终签订合同。合同订立有一个很重要的原则就是契约自由原则，订立合同的当事人意思自治，而兼投不兼中是采购人的真实意思表示，应当受到法律保护。

目前多数地方所采用的，就是多标段可以兼报但不能兼中。这里一般是招标人根据自己的情况来考虑的，一是内幕原因，关系太多都要照顾到，所以划分标段兼投不能兼中。二是从经济及竞争方面考虑