如果发现谁迟到早退不但扣全勤奖,还要扣工资,对于这种迟到扣全勤奖还扣工资的做法合理吗？

结论：克扣工资是违反劳动法的。提供劳动关系有效证据，申请劳动仲裁。
解析：
各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；　　
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；　　
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。　　
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
法律依据：
《劳动法》第五十条　
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

如果经公示的公司规章制度，严格公司的人事管理，有关于全勤奖及扣罚标准的，公司做法是合理的，但如果超过正常界限范围，公司做法是违法的。
劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的。
(二)严重违反用人单位的规章制度的。
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的。
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的。
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的。
(六)被依法追究刑事责任的。

如果经公示的公司规章制度，严格公司的人事管理，有关于全勤奖及扣罚标准的，公司做法是合理的，但如果超过正常界限范围，公司做法是违法的。
劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的。
(二)严重违反用人单位的规章制度的。
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的。
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的。
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的。
(六)被依法追究刑事责任的。