自己去做的鉴定结果被告会不认可,难到现在的司法鉴定有黑幕吗

这个，一切尽在不言中。不一定选那两家，有很多家可以选

法院要求做的司法鉴定被告可以不认可。
最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条规定：当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：
（一）鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；
（二）鉴定程序严重违法的；
（三）鉴定结论明显依据不足的；
（四）经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。
第二十八条规定：一方当事人自行委托有关部门作出的鉴定结论，另一方当事人有证据足以反驳并申请重新鉴定的，人民法院应予准许。

可以自己做也可以申请法院做